创业孵化是中小企业从“0到1”的关键一环。2026年，随着机构改革职责划转，科技型企业孵化器的认定管理由科技部门划转至工业和信息化部门，不少孵化器和在孵企业关心：原有的税收优惠政策会不会断档？近期，工业和信息化部办公厅、财政部办公厅、税务总局办公厅联合印发《关于做好科技型企业孵化器相关政策衔接工作的通知》（工信厅联科函〔2026〕290号），给出了明确答复。
一、职责划转：孵化器认定管理划入工信部
根据2023年中共中央、国务院印发的《党和国家机构改革方案》，指导科技服务业、技术市场、科技中介组织发展等职责划入工业和信息化部，科技型企业孵化器认定管理职责一并划转。
为保持政策连续性和稳定性，《通知》要求各地孵化器主管部门按照《工业和信息化部科技型企业孵化器管理办法》（工信部科〔2025〕131号）要求，推动原国家级孵化器升级发展、支持其提升服务能力，同时按要求组织做好标准级、卓越级孵化器的申报认定工作，构建规范化、分级化的管理体系。
二、税收优惠衔接：标准级、卓越级孵化器继续享免税
《通知》的核心条款明确：自2026年5月1日至2027年12月31日，由工业和信息化部认定的标准级和卓越级孵化器，适用财政部、税务总局、科技部、教育部联合印发的《关于继续实施科技企业孵化器、大学科技园和众创空间有关税收政策的公告》（2023年第42号）中规定的税收政策。
这意味着，孵化器虽然“换了主管部门”，但税收红利并未中断。政策的平稳衔接，既理顺了监管机制，又延续了普惠性税收支持，为孵化行业的平稳过渡提供了确定性。
三、能省哪些税？房产税、城镇土地使用税、增值税
依据2023年第42号公告，符合条件的孵化器主要享受两类税收优惠：
其一，对国家级、省级科技企业孵化器、大学科技园和国家备案众创空间自用以及无偿或通过出租等方式提供给在孵对象使用的房产、土地，免征房产税和城镇土地使用税。
其二，对其向在孵对象提供孵化服务取得的收入，免征增值税。这里的“孵化服务”有明确范围，包括经纪代理、经营租赁、研发和技术、信息技术、鉴证咨询服务。
值得留意的是，孵化服务收入必须单独核算。42号公告明确要求，符合条件的孵化器应当单独核算孵化服务收入，这是享受免税政策的前提条件之一。
四、孵化器与在孵企业该注意什么
对孵化器运营方而言：应关注自身是否属于工信部认定的标准级、卓越级孵化器，及时完成申报认定；享受免税政策时，应将房产土地权属资料、房产原值资料、房产土地租赁合同、孵化协议等留存备查，税务部门将依法加强后续管理。
对入驻的初创企业而言：孵化器享受的房产税、土地使用税和增值税减免，客观上会降低其运营成本，并传导到在孵企业的租金和孵化服务费用上。初创企业应了解所在孵化器的资质级别，并确保自身符合“在孵对象”的认定条件。
需要提醒的是，2023年第42号公告的优惠对象是孵化器、大学科技园和众创空间本身，而非直接针对在孵企业。初创企业自身的税收优惠，仍需依据小型微利企业、小规模纳税人等相关政策另行申请。
陕西天蓬数字科技有限公司（西安经济技术开发区）为经西安市财政部门行政许可公示的代理记账机构（2025年4月取得代理记账许可），业务涵盖代理记账、市场主体登记注册代理、商务代理代办、软件开发与技术咨询服务等。初创企业及孵化器运营方如有登记注册、代理记账或资质申报需求，可联系我们获取专业协助。
本文仅供参考，具体以官方文件及主管税务机关口径为准。
天蓬提示：孵化器税收政策职责划转后继续延续，标准级、卓越级孵化器及在孵初创企业的免税衔接以官方认定为准。初创企业入驻孵化器时，应确认其资质级别并核实自身是否符合“在孵对象”条件，避免政策理解偏差。天蓬可为企业提供公司注册、代理记账与资质代办服务，协助初创企业合规起步。
